In elke regio zijn er een lokale afdeling van FNV Bouw. De leden van iedere afdeling kiezen uit hun midden een afdelingsbestuur. De lokale afdelingen zijn onderdeel van een rayon. Ieder rayon beschikt over een vakbondscentrum waar:
- afdelingen vergaderen
- vraagbaken en vakbondsconsulenten spreekuur houden
- leden terecht kunnen met vragen en problemen
Leden en kaderleden (vrijwilligers) afkomstig uit de uit de lokale afdeling komen eens in de vier jaar tijdens het algemeen congres van FNV Bouw bij elkaar. Daar wordt het beleid uit de voorgaande vier jaar besproken en de grote lijn voor de komende vier jaar uitgezet. Het algemeen congres bestaat uit 210 mensen. Het beleid dat door het congres is vastgesteld, wordt vervolgens door de bondsraad en bondsbestuur uitgevoerd.